スパイスを制する者はすべてを制する＿＿
宇宙で最重要の物質とされるスパイス=メランジが採れるため帝国に狙われた砂の惑星アラキス。その惑星の民フレメンは帝国の支配に反旗を翻し、いつ終わるともしれぬ反抗を繰り広げていた。フレメンは、ハルコンネン家の謀りで一族殲滅され自身も命を狙われ放逐されたアラキス統治の領主アトレイデス家跡取りポール･アトレイデスを、部族に伝わる予言の救世主が遂に現れたと云いポールをまつりあげる。ポールはフレメンの若き女戦士（=フェダイキン）チャミとの愛を育み、巨大サンドワームを操り、フレメンの文化･精神を受け入れてゆく。アトレイデス家を滅ぼしたハルコンネン家への復讐を心に誓いながら。だが母レディ･ジェシカからベネ･ゲセリットの予知能力を付与されたことによって忌まわしき未来を視てしまったポールは最悪の事態を回避しようとするが、過去から未来にかけておそるべき計略を謀る母レディ･ジェシカの導きや民衆からの切なる救民の願いを拒めず、チャミへの愛を貫くためにも、逃れられない運命に身を投じてゆく。ポールを抹殺せんと追うハルコンネン伯爵は自身の甥で残虐至極のフェイド=ラウサを刺客として送り込み、また帝国の内部から人類を理想の存在に高めるべく暗躍を続けるベネ･ゲセリットの教母の手引で、皇帝シャッダム4世と皇女イルーランまでもが辺境の砂の惑星アラキスに出陣する。果たして非業の運命を背負うポールの運命やいかに。そして彼が予見した未来は現実になるのか、あるいは人類には別の未来の選択が残されているのか。すべてはいま、DUNE（砂丘）の荒野に集約する。